Kehitys alkoi tammikuussa 1999. BioWare pyrki parantamaan ensimmäistä Baldur’s Gatea kaikin mahdollisin tavoin. Rakentavan kritiikin luettelosta – joka koottiin fanien ehdotuksista, arvosteluista ja sisäisistä ehdotuksista – kiteytettiin luettelo peliin lisättävistä ominaisuuksista: joitakin näistä olivat 800×600-resoluutio, 3D-tuki ja hahmopaketit.
Baldur’s Gaten kohdalla pelimoottoria ja sisältöä kehitettiin samanaikaisesti, kun taas Baldur’s Gate II:ssa moottori toimi alusta alkaen. Valmiin moottorin ansiosta he pystyivät keskittämään ponnistelunsa sisällön tekemiseen sen sijaan, että keskittyisivät perustoimintoihin.
