Tarina sijoittuu aikaan ennen Digimon Story: Cyber Sleuthin tapahtumia. Astu Keisuke Amazawan kenkiin. Hän on teinipoika, joka sotkeutuu varastetun henkilöllisyyden tapaukseen. Hänen on liityttävä salaiseen hakkerijengiin puhdistaakseen maineensa.
Nouse parhaaksi Digimonien kouluttajaksi. Voit värvätä yli 320 erilaista Digimonia ja myös taistella niitä vastaan Cyberspace Edenin maailmassa. Kouluta ja kehitä niitä, kunnes saat kokoon taistelujoukon, jonka avulla voit todistaa syyttömyytesi ja pääset takaisin fyysiseen maailmaan.
