Endless Ocean 2: Adventures of the Deep laajentaa entisestään merikokemusta, joka esiteltiin ensimmäisen kerran Endless Ocean -pelissä. Rentoutuminen oli tärkeä osa edellistä peliä kun taas tämä peli on suunniteltu enemmän seikkailupainotteiseksi. Sukeltajat saattavat löytää itsensä pakenemassa tai rauhoittelemassa hyökkäileviä haita, tutkimassa laivanhylkyjä tai etsimässä aarteita. Endless Ocean 2: Adventures of the Deep sisältää myös enemmän olentoja sekä parannettua grafiikkaa, mikä auttaa pelaajia uppoutumaan meriympäristöön, jota he voivat vapaasti tutkia omaan tahtiinsa.
- Pelaajat sukeltavat valtameriin ympäri maailmaa löytääkseen jokaiselle eri alueelle ominaisia kaloja, nisäkkäitä ja useita erilaisia meriolentoja ja samalla he saavat tietoa niiden tavoista sekä käyttäytymisestä. Myymällä keräämiään esineitä pelaajat saavat rahaa ja he voivat koristella omia riuttoja, jotka houkuttelevat kaloja lähelle. Lisäksi pelaajat voivat koristella akvaarioitaan vieraitaan varten.
- Valtameri on täynnä elämää. Löydettävänä on satoja erilaisia lajeja, merihevosista jättiläisvalaisiin.
- Ovatko paikalliset kalat sairastuneet tai muuttuneet levottomiksi? Pelaajat voivat tarkistaa niiden terveydentilan ja käyttää sitten rauhoittavaa työkalua kaloihin, jotka täytyy kuntouttaa parantavalla energialla.
- Peli sisältää myös juonen, jota pelaajat voivat seurata haluamallaan tavalla. Juoneen liittyy Océane, nainen joka tutkii Song of Dragonsia, jota hänen isänsä, joka oli merkittävä merentutkija, etsi juuri ennen kuolemaansa.
- Nineball Island -saarella pelaajat voivat ystävystyä delfiinin kanssa ja opettaa sille uusia temppuja. Sukellusmatkoilla pelaajat voivat jopa ottaa delfiinin mukaansa ja sen avulla he voivat uida entistä nopeammin.
- Pelaajat voivat hyödyntää Nintendo Wi-Fi Connection -palvelua uidakseen ystäviensä kanssa ja käyttää samalla Wii Speak -lisälaitetta jutellakseen toistensa kanssa. (Vaatii toimivan laajakaistayhteyden.)
