Fire Emblem Fates Limited Edition käytetty (3DS) CIB

Muista sarjan osista poiketen Fates koostuu kolmesta erillisestä versiosta, jotka eroavat toisistaan erityisesti tarinan osalta. Niissä on myös eroja joissakin pelitoiminnoissa, kuten saatavilla olevissa hahmoluokissa. Birthright (jap. 白夜王国, Byakuya Ōkoku, suom. Valkean yön kuningaskunta) keskittyy Hoshidon kuningaskunnan tarinaan ja sisältää muun muassa mahdollisuuden kehittää hahmoja pää- ja sivutarinoiden ulkopuolella. Conquest (jap. 暗夜王国, Anya Ōkoku, suom. Mustan yön kuningaskunta) keskittyy Nohrin kuningaskunnan tarinaan ja on edellistä haastavammaksi suunniteltu, sen taistelut saattavat esimerkiksi sisältää monimutkaisempia tavoitteita. Revelation (jap. インビジブルキングダム, Inbijiburu Kingudamu, suom. Näkymätön kuningaskunta) on yhdistelmä kahta muuta ja sen tarina keskittyy molempien osapuolten tarinaan.