Ghost Reconissa pelaaja ohjaa kuuden eliittisotilaan joukkoa, joka suorittaa poliittisesti ja sotilaallisesti arkaluontoisia tehtäviä. Kriisipisteet ovat tällä kertaa Latinalaisessa Amerikassa. Pelissä on kaksi kampanjaa, jotka sisältävät kahdeksan tehtävää.
Pelaaja rauhoittaa ensin tilannetta Castron jälkeisessä Kuubassa ja matkaa sitten Kolumbiaan nujertamaan terroristit, jotka ovat kaiken pahan alku ja juuri. Kuten Tom Clancy -tuotteelta voi odottaakin, painopiste on realismissa. Tehtävien suorittaminen vaatii älykästä toimintaa ja joukkueen liikkeiden huolellista suunnittelua. Pelaaja voi ohjata kaikkia joukkueen jäseniä. Pelaaja voi halutessaan asettaa räjähteitä, ampua kaukaisia vihollisia kiikarikiväärillä tai pelata kiväärimiehenä.
Strategian ja ohjauksen syventämiseksi joukkue on jaettu kahteen kolmen miehen ryhmään. Kun pelaaja ohjaa sotilasta, sotilaan ryhmä omaksuu automaattisesti pelaajan strategian. Myös ryhmän strategiaa voi muokata – pelaaja voi määrittää ryhmän suhtautumisen havaittuihin vihollisiin, ryhmän liikkumistavan ja alueen, jota ryhmä suojaa, kun se saapuu kohteeseensa. Jungle Storm on yksi parhaista PS2:n verkkoyhteensopivista peleistä – se sisältää runsaasti verkkopelitiloja, joihin kuuluu yhteistyönä ja muita pelaajia vastaan pelattavia tiloja ja yli 31 erilaista karttaa.
