Pelaajat taistelevat tiensä vihollisaaltojen läpi kunnialla ja taidoillaan suosikkininjojen Lloyd, Nya, Jay, Kai, Cole, Zane ja Master Wu:n seurassa puolustaakseen Ninjago City kotisatamaansa pahalta Lord Garmadonilta ja Shark Armyltä.
Pelaajien on opittava Ninjagility-taitoja, joiden avulla he voivat kulkea mm. seinillä sekä hyppiä ja taistella vihollisia vastaan ninjojen taitoja hyväksi käyttäen.
Pelaajat voivat hyödyntää Spinjitzun taistelun voiman puolustaakseen Ninjago Cityä yhdessä.
Pelaajat kulkevat avoimissa ympäristöissä hallitsemalla juoksemisen, kamppailun, hyppimisen ja muita ainutlaatuisia Ninja-taitoja voittaakseen viholliset.
Peli sisältää kahdeksan suurta pelipaikkaa, jotka perustuvat Lego Ninjago -elokuvan tarinaan, ja jokaisella on oma ainutlaatuinen Challenge Dojo, jossa pelaajat voivat laittaa taistelutaidot testiin ja taistella yhä tiukempien vihollisten kanssa.
Pelaajat voivat pelata neljällä eri pelitilalla jopa neljän pelaajan voimin.