Kyōssa vallitsi 1860-luvulla laajalle levinnyt epätasa-arvo, ja yksi samurai muuttaa historian kulun etsiessään oikeutta.
Tartu Sakamoto Ryoman miekkaan ja matkusta Kiotoon etsimään isäsi tappaja.
Todista syyttömyytesi murhaan, jonka tekijäksi sinut on lavastettu, ja palauta kunniasi.
Siten tuot päätökseen samuraiden aikakauden ja muutat Japanin tulevaisuuden lopullisesti.
Paljasta miekkasi, lataa revolverisi ja liity vallankumoukseen tässä kiivaassa historiallisessa seikkailussa, jollaiseen vain Yakuza: Like a Dragon -pelin kehittäjät kykenevät.