Kun Samus Aranin alus tekee pakkolaskun kuuhun, salaperäinen salamurhaajien ryhmä hyökkää hänen kimppuunsa. Hyökkäyksessä vakavasti haavoittuneen palkkionmetsästäjän on kuljettava maanalaisen maailman halki ja hankittava uusia kykyjä löytääkseen tiensä takaisin pinnalle.
Ahmi vihollisesi
Selviytyäkseen tässä vihamielisessä ympäristössä Samuksen on hyödynnettävä piileviä Metroid-voimiaan ja palautettava energiaansa saalistamalla vihollisiaan. Tainnuta viholliset torjumalla niiden hyökkäykset ja toimi sitten nopeasti viedäksesi niiden energian.
Aika kostaa
Viisi Samuksen kimppuun hyökännyttä Space Ninjaa vaanii häntä eri puolilla tätä sokkeloista maailmaa. Kohtaa heidät jännittävissä kahdenkeskisissä taisteluissa, joissa otat mittaa näistä salamurhaajista ja heidän tehokkaista aseistaan lähietäisyydeltä.
