Shadow of Mordor sijoittuu Tolkienin maailmassa heti Hobittien jälkeiseen aikaan.
Sauron on palannut vanhaan valtakuntaansa keräämään voimiaan ja valmistautumaan Sormusten Herran vaiheisiin.
Gondor on vartioinut laaksoa 2000 vuoden ajan, mutta pitkä aika on tehnyt tehtävänsä ja örkkien isku tulee tuhoisana yllätyksenä kaikille.
Pieni varuskunta Mustan Portin kupeessa tuhoutuu ja surmansa saavat samooja Talion perheineen.
Kuolema ei tarjoa rauhaa Talionille, sillä mystinen sormusaavetta muistuttava kostonhenki tuo tämän takaisin elävien maailmaan tarjoten samalla voimaa kostaa Sauronin joukkojen kapteeneille näiden hirmutyöt.
Nemesis järjestelmän myötä pelaajille rakentuu historiaa pelissä kohdattavien vihollisten kanssa näiden eläessä omaa elämäänsä maailmassa ja reagoidessa sen tapahtumiin.
Vihollisilla ovat myös mm. omat persoonallisuuseronsa, jotka yhtälailla vaikuttavat näiden toimiin ja tilaan maailmassa.
Pelissä on myös kaksi kykypuuta. Toinen näistä on Talionille ja toinen tämän sisällä lymyävälle aavemaiselle Wraith-muodolle.
