Loinen on ilmestynyt mystisesti ja levittää tuhon aaltoa, muuttaen ihmiset raivokkaiksi villipedoiksi. Tauti on saavuttanut Japanin rannikon ja Tokion sydämen. Nykypäivän ninjan Ken Ogawan roolissa sinun tulee heilahtaa, lennähtää ja sivaltaa toimintaan pelastamaan ihmiskuntaa tuholta.
Opettele käyttämään laajaa asevalikoimaa ja kykyjä, kuten ympäristön tarkkailua Ninja Vision -näöllä, yli-inhimillistä nopeutta, räjähtäviä Ninjutsu-voimia ja tappavia kuoliniskuja.