Paper Mario: Color Splash -pelin tarina alkaa siitä, kun Mario ja hänen ystävänsä vierailevat Prism Island -saarella ratkaistakseen mysteerin. Jostain syystä Toadit ovat kadottaneet värinsä. Saarella tapaamme hahmon nimeltään Huey, joka tuntuu tietävän paljon ja joka metsästää kadonneita Paint Stars -tähtiä. Yhdessä Hueyn kanssa Mario lähtee todella värikkääseen seikkailuun palauttaakseen järjestyksen saarelle.
Tämä on myös ensimmäinen kerta, kun Bowserin seitsemän kätyriä esiintyvät Paper Mario -pelissä. Toinen uusi ominaisuus on, että voit käyttää Wii U GamePad -peliohjainta leikataksesi palasia pelin maisemista ratkaistaksesi erilaisia pulmia.
