Prototype on upouusi kameranäkymästä esitetty avoimen maailman toimintapeli, jossa pelaaja ohjaa Alex Merceriä.
Tämä geneettisesti muuttunut muodonmuuttaja ei muista menneisyyttään, mutta hän on vakaasti päättänyt selvittää olemassaoloonsa liittyvän mysteerin. Hän toteuttaa tehtäväänsä syöksymällä tiheään asutun New York Cityn läpi Parkour-tyylisellä sulavuudella ja syömällä kaikki vastaantulijat, jolloin hän saa näiden fyysisen ulkomuodon, muistot ja kyvyt.
Pelaaja pääsee tutustumaan syvään ja synkkään salajuoneen, jota on kehitelty 40 vuoden ajan. Sen osapuolet ovat Alex, Blackwatch (sotavoimat) ja virustartunnan uhrit, joista käytetään nimitystä ”Saastuneet”.
Huom: K18-peli.
