Kun pahantahtoinen Omega 9 -järjestö murhaa entisen vihreän baretin Nikki Connorsin tyttären ja aviomiehen, neuvokas sankaritar vannoo kostoa. Nikki palaa terrorisminvastaisiin puuhiin ja ryhtyy suorittamaan salaista tehtävää hallituksen palveluksessa. Hänen on soluttauduttava pahaan suuryritykseen keräämään tietoja ja samalla tietenkin kostettava perheensä murha. Hampaisiin asti aseistettu, peloton ja kurvikas agentti tunkeutuu ilkeään organisaatioon käyttäen hyväksi havaittua hiiviskelytaktiikkaa.
Pelaaja hiiviskelee Solid Snaken, Sam Fisherin ja kumppaneiden hengessä ja suorittaa kahdeksan erilaista tehtävää, joiden päämääränä on napata terroristit ja selvittää Nikkin perheen murhan syy. Jos on pelannut muita johtavia hiiviskelypelejä, kuten Metal Gear Solidia tai Splinter Celliä, Rogue Opsin pelaaminen tuntuu hyvin tutulta. Tehtävät koostuvat pääasiassa tosiaikaisesta taistelusta, huomaamattomista tapoista, hiiviskelytaitojen käyttämisestä, ympäristön tutkimisesta ja pulmien ratkomisesta. Nikkillä on myös useita kivoja vakoiluvempaimia, kuten kätevä ”fly-cam” – pieni lentävä kamera, jonka voi ohjata ahtaisiin paikkoihin.
Omega 9 on maailmanherruutta tavoitteleva paha järjestö, joten on selvää, ettei se anna periksi noin vain. Pahisarmeija on kukistettava matkan varrella joko mukavan salatapposysteemin avulla tai joissain tilanteissa vain ampumalla kaikkea, mikä liikkuu. Toiminnan tahti pysyy tasaisena pelin loppuun asti – hiiviskelyosioiden ja rajujen tulitaistelujen tasapaino on kohdallaan. Pelaaja voi valita, miten tehtävät etenevät, tehdä moraalisia valintoja ja löytää vaihtoehtoisia loppuratkaisuja.
- Taistele laajalla asevalikoimalla, johon kuuluu käsiaseita, kiikarikiväärejä, heittotähtiä ja taser-tainnutinase
- Ainutlaatuinen salatappomekaniikka auttaa uppoutumaan peliin
- Tutki vaihtelevia ympäristöjä kahdeksassa toiminnantäyteisessä tehtävässä
