Sega Mega Drive II julkaistiin vuonna 1993. Laitteen ulkoasu muuttui dramaattisesti; koko ja hinta pienenivät, kun laitteesta karsittiin toimintoja (kuten sisäänrakennettu kuulokeliitäntä). Konsolia varten valmistettiin myös uusi versio Segan Mega CD:stä, Sega Mega-CD 2. Laitteiden ainoana erona oli muotoilu, joka nyt jäljitteli uuden konsoliversion muotoja.
Mega Drive käyttää Atari-mallisia peliohjainportteja, joten siihen voi kiinnittää monissa vanhoissa tietokoneissa käytetyn joystickin. Sonic the Hedgehog 1 on kuitenkin ainoa peli, jota voi mielekkäästi pelata yhdellä näppäimellä.
Mega Drive on rakennettu yhteensopivaksi Sega Master Systemin kanssa, joskin Master Systemin pelien pelaaminen vaatii kuitenkin sovittimen. Yhteensopivuuden takia laitteessa on mukana esimerkiksi Master Systemin äänipiiri.
