Vaaralliset terroristit ovat siepanneet Presidentin tyttären ja pelaajien tehtävänä on vaimentaa kohteet satuttamatta panttivankeja tai sivullisia. Näin alkaa Silent Scope, Konamin suosittu arcade shootteri joka sisältää runsaasti tehtäviä monissa eri ympäristöissä kuten kaupunginkeskusta, moottoritie ja asutusalueita.
Pelaajan täytyy myös toimia eri tavalla ympäristöstä riippuen, oltiin sitten vedessä, ilmassa tai maassa. Lisäksi konsoliversiossa on enemmän pelitiloja kuin arcade-versiossa.
