Tällä kertaa menoa höystetään mm. Momentum Systemillä, joka tuo otteluihin vaihtelevuutta. Stamina System taas tuo peliin enemmän strategista ulottuvuutta kun hahmon voimia pitää säästellä todellisiin pommeihin.
WWE Smackdown! Vs. Raw 2006 perustuu täydelle lisenssille ja areenalle astuvat kaikki tämän hetken kuumimmat painijat. Peli sisältää moninpelin sekä kattavan hahmon muokkaus järjestelmän.
