Kolme New Yorkin eri kaupunginosissa mellastavaa jengiä on saatava kuriin. Jos Hämähäkkimies onnistuu jakamaan oikeutta roistoille, rikollisuusaste laskee kyseisessä kaupunginosassa ja elämä palautuu normaaliksi. Mikäli hän ei onnistu, kaduille leviää kaaos. Superroistot eivät kuitenkaan taltu ilman tappelua. Kehittyneen tekoälynsä avulla ne ympäröivät Hämähäkkimiehen, tarttuvat häneen, kutsuvat apujoukkoja ja koettavat kaikin voimin ottaa kulmakunnan takaisin haltuunsa.

Laajaan, dynaamiseen ja vapaasti samoiltavaan New Yorkiin sijoittuvassa pelissä voi valita mielensä mukaan useista elokuvaan perustuvista ja pelin omista juonista ja tehtävistä. Menestys palkitaan valinnaisilla lisäkyvyillä, kuten nopeudella, taisteluliikkeillä ja ketteryydellä.

Spider-Man 3:ssa pahiksia piestään täysin uudistetuilla taistelutaidoilla: ilmataisteluita on laajennettu, ja tehtävien varrella ja eeppisissä pomotaisteluissa voi käyttää uusia lopetusliikkeitä ja dynaamisia seitinheittotemppuja.

Pääset ensi kertaa ohjaamaan legendaarista mustaa pukua, joka kasvattaa Hämähäkkimiehen voimia, ketteryyttä ja kestävyyttä. Kurita roistoja räjähtävillä, uusilla hyökkäyksillä – voit jopa tyhjentää koko huoneen vihollisista kertaiskulla.
Voit kulkea minne tahansa milloin tahansa ja tehdä aivan mitä haluat entistä laajemmassa, dynaamisessa ja vapaasti samoiltavassa New Yorkissa. Pelaaja asettaa itse omat tavoitteensa ja etenee pelissä omalla tavallaan.
Käy monivaiheisia, dynaamisia pomotaisteluita elokuvan pääpahiksia ja monia legendaarisia sarjakuvaroistoja vastaan. Päävastustajat pyrkivät kaikin keinoin tuhoamaan Hämähäkkimiehen hyödyntämällä ympäristöjään, kätyreitään ja tuhoisia supervoimiaan.
Pelaaja oppii hallitsemaan Hämähäkkimiehen voimia läpäisemällä tehtäviä ja haasteita, ja samalla hahmo kerää entistä parempia kykyjä, kuten verkkohyökkäyksiä, akrobaattisia taitoja ja uskomattomia lähitaistelukomboja.