Kuinka pitkälle olet valmis menemään voittaaksesi vihollisen luottamuksen? Ota Sam Fisherin rooli ja soluttaudu julmaan terroristiryhmään, jonka tuhoat sisältä käsin. Harkitse tarkkaan tekojesi seurauksia – jos tapat liian monta terroristia, paljastut. Jos epäröit, miljoonat kuolevat. Tee mitä tahansa tehtävän suorittaminen vaatii, mutta palaa hengissä kotiin.
Agentti Sam Fisher palaa, mutta tällä kertaa tilanne on mutkikkaampi. Sam joutuu neljännessä osassa kaksoisagentin rooliin. NSA-agentti pettää isänmaansa soluttautuakseen terroristisoluun. Sam siirtyy lain väärälle puolelle ilmeisen hermoromahduksen seurauksena. Eipä aikaakaan, kun pahamaineiset organisaatiot kiinnostuvat hänen vaarallisten kykyjensä hyödyntämisestä. Fisher kääntää selkänsä tähtilipulle ja alkaa työskennellä terroristisolun hyväksi. Oikeasti Samin moraali ei tietenkään taipuisi tällaiseen. Todellisuudessa hän on nimittäin suorittamassa salaista tehtävää. Terroristiryhmään soluttautuneena hänen on pidettävä pahikset hyvässä uskossa, mutta samalla pyrittävä tekemään niiden aikeet tyhjiksi. Tämä tuo mukanaan ainutlaatuisia haasteita, sillä pelaaja joutuu toimimaan terroristien suorassa valvonnassa, mutta kuitenkin hyvän puolella. Vaikeita ratkaisuja on luvassa, kun pelaaja joutuu tappamaan terroristien hyväksi välttääkseen paljastumisen, mutta kuitenkin suuremman päämäärän puolesta.
Pelissä on enemmän haarautuvia juonikulkuja ja avoimempaa pelattavuutta, jotta pelaajalla on enemmän päätäntävaltaa siihen, miten vaivihkaiset tavoitteensa suorittaa. Double Agentissa uutta on myös se, että pelaaja joutuu turvautumaan vain Samin omiin kykyihin erilaisten apuvälineiden sijaan, pimeänäkökiikarit kun eivät kuulu terroristien vakiovarusteisiin. Lisäksi Sam joutuu toimimaan myös päivänvalossa.
