San Franciscoa ympäröivä Bay Area koostuu miljoonista asukkaista, jotka elävät upeissamerimaisemissa ikonisine rakennuksineen ja mäkisine ympäristöineen. Pelinmaailmassa San Francisco on suurin kaupunki, joka on ottanut käyttöönpäivitetyn ctOS 2.0 -käyttöjärjestelmän. Sen avulla valvotaan ja hallitaankokonaista kaupunkia ja sen infrastruktuuria. Väärissä käsissä sen käyttö voisijohtaa lähes katastrofaalisiin seurauksiin aina kaupungin infrastruktuurinhallinnasta yksittäisten ihmisten manipulointiin.
Pelaajat astuvat nuoren hakkeri Marcus Hollowayn saappaisiin. Marcus on joutunut ctOS 2.0-käyttöjärjestelmän kynsiin rikoksesta syytettynä, jota hän ei ole edes tehnyt.Tämä sysää Marcusin mahdottomalta vaikuttavaan tehtävään. Hänen pitää sammuttaactOS 2.0 lopullisesti ja estää vastaavia väärinkäytöksiä tapahtumasta muillesyyttömille kansalaisille. Marcusin tärkein työkalu on hänen taitonsa javälineensä hakkeroida tähän keskuskäyttöjärjestelmään liitettyjä laitteita.Tämän seurauksena luvassa on uskomattomia tapahtumaketjuja niin yksittäistenihmisten kuin kokonaisten laitteistojen mittakaavassa.
Hakkeroinnillealttiita laitteita ovat autot, lennokit, nosturit, turvallisuusrobotit ja monetmuut erilaiset isot ja pienet laitteet. Tämä mahdollistaa erilaisenlähestymistavan eri tehtävissä. Pelaaja voi vaikkapa suorittaa salakähmäisiätehtäviä tappamatta yhtäkään vihollista. Halutessaan pelaajat voivat kuitenkinsuorittaa tehtäviä aseet paukkuen ja vihollisia taisteluissa nujertaen. Valtavapelimaailma tarjoaa myös monet mahdollisuudet takaa-ajoille ja muilletoimintakohtauksille San Franciscon mäkisillä kaduilla, miljoonakaupunkiOaklandin talojen katoilla tai vaikkapa Piilaakson teknologiayritystenrakennuksissa.
Watch Dogs 2-toimintapelin keskeisinä aiheina ovat tietoturvallisuus, yksityisyys jahakkerointi, joiden rooli on entistä keskeisemmässä osassa tämän päivänyhteiskunnassa. Näistä elementeistä koostuu myös Watch Dogsin kiehtova maailma,jossa salaliittoteoriat, vimmainen toiminta ja salamyhkäiset toimintatavatlomittuvat toisiinsa täydellisesti.
Yksinpelinlisäksi Watch Dogs 2 tarjoaa saumattoman moninpelikokemuksen, joka tarjoaapelaajilleen pelitiloja niin yhteistyössä kuin toistensa kanssa vastakkain.
