Pelin käynnistyessä näkyviin tulee Wii Fit Plaza. Siinä näkyy pelaajien Mii-hahmot ja heidän painoindeksinsä kehitys. Avattuaan profiilinsa pelaaja voi valita joko Body Testin (kehotesti) tai Trainingin (harjoittelu). Body Testissä peli mittaa pelaajan tasapainon keskipisteen, painon ja painoindeksin, sekä tekee kaksi satunnaista tasapainotestiä. Näiden perusteella se päättelee pelaajan Wii Fit Agen eli kuntoiän.
Training koostuu neljään päätyyppiin jaetuista harjoitteista ja minipeleistä; päätyypit ovat jooga, lihasharjoitteet, aerobiset harjoitteet sekä tasapainoilupelit. Joogassa on erilaisia venytyksiä, joilla harjoitetaan notkeutta, lihaskuntoharjoitteissa harjoituksia eri lihaksille ja staattisia harjoitteita, joilla pyritään vahvaan lihaksistoon, aerobisiset harjoitteet keskittyvät rasvan polttoon ja niissä on mm. lenkkeilyä, tasapainopeleissä taas erilaisia minipelejä, joissa peliä ohjataan vartaloa kallistelemalla. Aerobisissa harjoitteissa ja tasapainopeleissä pelihahmona käytetään profiilin Mii-hahmoa.
